場所請負制度のもとで、多くのアイヌが酷使され、しいたげられる事態がおきてきました。そのような場所請負人たちの不正なやり方に対して、1789（天明9）年にクナシリ島と、メナシ地方（現在の根室支庁管内目梨群）のアイヌの人びとが立ち上がりました。これを「クナシリ・メナシの戦い」といいます。
　しかし戦いは組織だったものではなかったため、長続きしませんでした。結局、長老たちの説得により、松前藩と一戦を交えることなく降伏しました。
　この戦いを収めた長老たちは、その後松前藩に招かれます。その時に松前藩の蠣崎波響（かきざき・はきょう）が描いた長老たちの肖像画「夷酋列像（いしゅうれつぞう）」が、いまも残っています。

　幕末の1849（嘉永2）年、幕府は蝦夷地警備のため、松前藩に築城を命じました。当時は新しい城を造ることを全国的に禁止していたため、これはきわめて異例なことです。藩主の松前崇広は、6年がかりで福山館（ふくやまだて）の修築を重ね、1854（安政元）年に松前城が完成しました。松前城は、わが国でいちばん最後に建てられた日本式城郭です。
　軍学者・市川一学（いちかわ・いちがく）の設計で、本丸・二の丸・三の丸からなり、本丸東南隅には三層の天守が築かれました。三の丸には海に向けて7基の砲台が置かれ、城外にも9砲台25門の大砲が配備されていることから、海からの攻撃への備えを重視したことがわかります。城を持つことは、松前藩にとっては名誉なことでしたが、その築城費15万両は藩財政に重い負担となりました。