小清水原生花園では6月から8月にかけて約40種類の花が咲きますが、最も美しい時期はエゾスカシユリ、エゾキスゲ、ハマナス、クロユリなどが一斉に咲く、6月から7月です。

　長い冬が終わり、雪が平地で消えたころ、小清水原生花園では「野焼き」が行われます。花の時期の前に火を放ち、人為的に野火を起こすのです。これにより堆積した枯れ草が燃え、花々の繁殖や開花が促進されます。
　1980年代に入り、小清水原生花園の花々は減少し、お花畑の荒廃が目立つようになりました。この原因は、1978（昭和48）年に火の粉により時々野火を発生させていた原生花園の中を走る蒸気機関車が廃止され、花の成長を邪魔する雑草を食べていた牛馬の放牧もやめられたためと考えられています。
　現在では野焼きやトーフツ湖畔での馬の放牧再開、手作業による帰化植物の除去などの保護活動によって、本来の原始の姿を取り戻しつつあります。